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GeoNature : la suite d’outils web pour la biodiversité

De nombreux outils – que l’on appelle communément « bases de données en ligne » – permettent de saisir et de consulter des données naturalistes sur internet. Et parmi ces outils en ligne, GeoNature a fait son petit bout de chemin…

Aujourd’hui, plusieurs applications font partie de cette suite d’outils. Les codes sources sont libres et gratuits, leur développement est collaboratif et le nombre de fonctionnalités ne fait qu’augmenter. Pour tout cela, je suis persuadée du potentiel de GeoNature et que de plus en plus de structures en lien avec l’environnement vont commencer à l’utiliser…

« Mais à la fin, c’est quoi GeoNature ? » Et bien, c’est ce que j’ai découvert il y a un an à peu près, et aujourd’hui j’aimerais vous le présenter à travers cet article !

Les outils naturalistes « GeoNature »

Outils naturalistes

La suite d’outils « GeoNature » est développée par les Parcs Nationaux. C’est un ensemble d’applications web et mobiles à destination des naturalistes et des publics intéressés par les données de biodiversité.

L’ensemble des applications permet de saisir des relevés et des observations naturalistes (faune/flore), de gérer les données, de gérer les utilisateurs des différents outils, de gérer les taxons (listes d’espèces, saisie), de synthétiser les données, de faire des exports de données ou encore de visualiser les données.

« Fun fact »

L’outil métier GeoNature – qui permet la saisie d’observations – a été choisi comme outil officiel SINP (Système d’Information sur la Nature et les Paysage) par le Ministère en complément de l’outil GINCO (Gestion d’Information Naturaliste Collaborative et Ouverte), et sera donc utilisé par les DREAL (directions régionales de l’environnement, de l’aménagement et du logement).

Open source !

Ces applications sont open source et collaboratives ! Elles sont développées et maintenues par le collectif de développeurs du réseau des Parcs Nationaux et de leurs partenaires utilisateurs de la suite d’outils.

Ce que je trouve particulièrement intéressant, c’est que la licence open source – et donc la libération du code – permet de rassembler des avis critiques sur le code de la part de la communauté de développeurs, d’identifier et de développer des axes d’améliorations du code (optimisation continue !), ainsi que de faire remonter les bugs et les failles de sécurité pour les corriger…

Et en plus, n’importe qui peut se procurer les codes sources, et gratuitement ! Après quoi, moyennant un peu de temps « informaticien·ne », il est possible d’utiliser les applications (sans redevance, sans abonnement !), et même de modifier les codes sources selon ses envies…

Amélioration et évolution des outils

Les améliorations des fonctionnalités et l’optimisation du code des applications se font de manière continue dans les dépôts github (dépôts partagés de codes informatiques) des Parcs Nationaux. Des sorties de versions stables du code des différentes applications sont faites régulièrement.

Il y a également la possibilité de développer et d’utiliser des modules supplémentaires. Ces modules peuvent s’ajouter aux composants de base afin de répondre à des besoins spécifiques d’utilisation de la suite d’outils (par exemple : un module de validation des données pour GeoNature). On peut comparer ça aux extensions à rajouter à QGIS !

Modularité et généricité

La suite d’outils GeoNature a été pensée pour être totalement modulaire, c’est-à-dire que chaque composant peut être utilisé soit conjointement avec un ou plusieurs autres composants, soit indépendamment des autres sans être imposé ; et leur généricité leur permet d’être adaptés à n’importe quelle structure gérant des données de biodiversité.

Les applications

Dans la suite d’outils « GeoNature », on retrouve :

  • GeoNature, application de saisie d’observations et de synthèse des données.
  • GeoNature-Atlas, application de visualisation grand public des observations.
  • TaxHub, application permettant de gérer les taxons et les médias associés.
  • UsersHub, application permettant la gestion des utilisateurs.
  • GeoNature-Mobile, application mobile de saisie d’observations naturalistes.

Schéma de l’organisation globale de l’ensemble complet d’applications de gestion de données naturalistes « GeoNature ». Parc National des Écrins

Après cette vue globale de l’ensemble « GeoNature », voyons maintenant les applications une par une.

GeoNature

GeoNature est une application de saisie d’observations naturalistes, ainsi que de synthèse des données. Elle permet de saisir des relevés et des observations par type de protocoles spécifiques (faune vertébrée, faune invertébrée, flore…), de regrouper l’ensemble des données d’observations sous forme de synthèses, de les exporter vers des tableurs pour les partenaires, de faire une recherche sur les données contenues dans la base, de les filtrer…

En sommes, tout ce dont vous avez besoin pour saisir et gérer vos données naturalistes !

Capture d’écran de GeoNature V2.

Exemple de la version 2 (pour y accéder, entrez vos logins de votre compte INPN) : http://demo.geonature.fr/geonature

 Documentation sur les améliorations en cours : http://geonature.fr/documents/2017-09-GN2-Fonctionnalites-0.2.pdf

Utiliser GeoNature dans votre structure

Besoin d’un accompagnement personnalisé pour la mise en place des applications de la suite GeoNature pour la gestion de vos données naturalistes ?

GeoNature-Atlas

GeoNature-Atlas est une application de visualisation des observations naturalistes, ouverte à tous (collectivités, grand public…), pour faire découvrir la diversité biologique d’un territoire.

C’est un atlas en ligne, avec une visualisation cartographique dynamique des données naturalistes. Et il faut lui reconnaître une très bonne ergonomie et un beau graphisme !

Cette application a de multiples fonctionnalités :

  • Un affichage cartographique pouvant être soit par points (localisations précises), soit par mailles carrées (de 1x1km, 5x5km ou 10x10km) colorées selon le nombre d’observations par mailles.
  • La visualisation de la carte et la liste des dernières observations naturalistes (selon un pas de temps paramétrable.
  • La visualisation des espèces les plus observées autour des 15 jours encadrant la date du jour (toutes années confondues.
  • La visualisation de synthèses des informations disponibles.
  • L’affichage d’une fiche par espèce, avec cartographie de répartition sur tout le territoire (en points ou mailles selon le paramétrage global) et filtrage de la répartition par date (plage d’années), taxonomie selon le référentiel national TAXREF, le lien vers sa fiche INPN, des informations textuelles (renseignées via l’application TaxHub), les statistiques d’observations par classe d’altitude, les statistiques d’observations par mois, le nombre et les noms des communes concernées par au moins une observation de l’espèce, le nombre et les noms des observateurs de l’espèce.
  • L’affichage d’une fiche par commune, avec cartographie de répartition sur tout le territoire (en points ou mailles selon le paramétrage global) et filtrage de la répartition par date (plage d’années), le nombre d’observations sur la commune, le nombres d’espèces observées sur la commune, le nombre d’observateurs sur la commune et liste de toutes les espèces observées.
  • La visualisation d’une galerie photographique regroupant toutes les photographies ajoutées pour chaque taxon (via l’application TaxHub).
  • La visualisation de blocs affichant des espèces aléatoirement, à condition qu’au moins une photographie soit attachée au taxon, afin d’inviter l’utilisateur à découvrir sa fiche espèce.
  • La visualisation de pages d’informations.

 

Exemples en ligne :

Capture d’écran de la fiche espèce de l’aigle royal, Biodiv’Écrin

Capture d’écran de la page d’accueil de Biodiv’Mercantour

Biodiv'Pays de la Loire

Un atlas de la biodiversité des Pays de la Loire, basé sur GeoNature-Atlas, dans le contexte du SINP et de l’open-data… Découvrez ces cartographies interactives de type “atlas de la faune et de la flore”, avec les données des structures naturalistes de la région mises à jour en temps réel.

TaxHub

TaxHub est l’application de gestion centralisée des taxons et des informations et médias (sons, vidéos, photographies) qui leurs sont associés pour leur visualisation dans GeoNature-Atlas. Elle est basée sur le référentiel national TAXREF. Pour l’application de saisie GeoNature, elle permet également de gérer la liste de taxons présents pour le territoire, d’ajouter des informations spécifiques, de définir des listes de taxons…

Fonctionnalités de l’application :

  • Gestion des listes de taxons.
  • Ajout des informations spécifiques à chaque taxon (milieu, description, patrimonialité, protection).
  • Ajouts des médias (photographies, vidéos, sons) et description des médias.

Capture d’écran de TaxHub

UsersHub

UsersHub est l’application de gestion centralisée des utilisateurs des autres applications de la suite « GeoNature » et de leur droits d’accès aux applications web, à l’exception de GeoNature-Atlas qui ne dispose pas de fonctionnalités requérant des droits (pas d’accès différents à l’application en fonction de droits utilisateurs).

Fonctionnalités de l’application :

  • Création et gestion des utilisateurs et des groupes d’utilisateurs.
  • Création et gestion d’organismes et d’unités.
  • Création de différents niveaux de droit.
  • Affectation des droits aux utilisateurs et/ou aux groupes d’utilisateurs pour chaque applications.

Capture d’écran de UsersHub

GeoNature-mobile

GeoNature-Mobile est une application Android permettant la saisie d’observations depuis des appareils mobiles (téléphones, tablettes), vers l’application web GeoNature. Donc pour une saisie directement sur le terrain !

Vidéos de démonstration :

https://www.dailymotion.com/video/k3EPkHqOdC2vQo5ehXf

https://www.dailymotion.com/video/k4a25AKW8VQg725eukA

    « Moi aussi je veux utiliser GeoNature ! »

    Vous avez envie d’utiliser un ou plusieurs outils de GeoNature ? Je vous comprends !

    Mais je dois vous dire que là, ça se corse un peu… Ces outils ne s’installent pas facilement sur un ordinateur, comme on pourrait installer un logiciel.

    Il s’agit d’application web… Elles sont utilisables à travers un navigateur web (firefox, chrome, etc.). Elles sont donc faites pour être installées sur un serveur.

    Elles peuvent être facilement installées sur un serveur / un ordinateur Linux Debian ou Ubuntu. Pour utiliser les outils GeoNature, il vous faudra donc une machine avec ce type de système d’exploitation !

    En cas de doute, demandez conseil à votre géomaticien·ne. 😉

    Vous connaissiez déjà GeoNature ? Vous avez déjà tester ? Partagez votre avis en commentaire !

    Et si vous aimez le développement web, n’hésitez pas à participer au projet !