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Référentiel national des typologies d’habitats naturels et des végétations

Les milieux naturels – habitats naturels et unités phytosociologiques – peuvent être classés et décrits, plus ou moins finement, à l’aide de différents référentiels typologiques.

Mais voilà, un grand nombre de typologies existent, selon différentes échelles territoriales et sous formats variés (papier, base de données…). On pensera par exemple à la classification EUNIS, à la typologie Natura 2000 ou aux classifications phytosociologiques…

Au cours de cartographies et d’inventaires naturalistes, les données concernant les milieux naturels sont produites dans l’une ou l’autre des nombreuses typologies disponibles… Comment alors, exploiter et mutualiser ces données ? La solution est bien entendu d’avoir un langage commun, un référentiel commun, qui permette de convertir les données d’une typologie vers une autre…

Pour la France, ce langage commun a été créé par le Muséum national d’Histoire naturelle : HABREF, le référentiel des typologies d’habitats naturels et des végétations de France (métropole et outre-mer).

Qu’est-ce que le référentiel HABREF ?
Que contient HABREF ?
La structure de HABREF
Comment obtenir HABREF ?
Qui utilise HABREF ?

Qu’est-ce que le référentiel HABREF ?

HABREF, c’est le référentiel national des typologies d’habitats et de végétations de France métropolitaine et d’outre-mer.

Il réunit les versions officielles des typologies de références servant à classer les milieux naturels (habitats ou végétations) des domaines marins et continentaux, ainsi que les correspondances existantes entre ces différentes typologies.

Le référentiel est en construction permanente. Il évolue en fonction des nouveaux habitats ou syntaxons décrits ou intégrés, des découvertes… de l’évolution de la connaissance elle-même en somme !

 

Habitats et Végétations

Habitat : entité écologique incluant, notamment, des espèces et leur milieu. Un habitat est caractérisé grâce aux végétations.

Végétation : entité également appelée syntaxon. Une végétation est un groupement végétal caractérisé par une combinaison floristique déterminée (la phytosociologie étant la discipline de la botanique ayant pour objet l’étude des syntaxons / végétations).

Les objectifs de HABREF

→ Mettre à disposition un référentiel national français réunissant et standardisant toutes les typologies des milieux naturels (habitats et végétations).

→ Constituer un socle de connaissance concernant les milieux naturels, leur statut de présence, les espèces y étant associées, les correspondances entre typologies…

→ Rendre les jeux de données naturalistes (notamment de cartographies d’habitats !) interopérables afin de faciliter le partage d’informations et de données sur les milieux naturels.

→ Suivre et gérer les évolutions des typologies (synonymies, correspondances, hiérarchie, validité…).

Le contenu de HABREF

Dans ce référentiel, on retrouve toutes les typologies officielles servant à classer les milieux naturels (habitats ou végétations) de France. Les typologies utilisées sont celles relatives à la France métropolitaine, aux territoires d’outre-mer ainsi que des typologies internationales lorsqu’elles concernent le territoire français.

Ainsi, HABREF version 4 contient 25 typologies de références sur les milieux naturels :

  • Prodrome des végétations de France (PVF1)
  • Prodrome des végétations de France décliné (PVF2)
  • Synopsis bryosociologique
  • Unités phytosociologiques des Cahiers d’habitats
  • Classification phytosociologique européenne
  • Biocénoses benthiques de Méditerranée
  • Habitats marins benthiques d’Atlantique
  • Habitats de la Guyane françaises
  • Habitats forestiers de Guyane
  • Végétations des Antilles s.l. (et des Caraïbes)
  • Habitats des Antilles françaises
  • Compartiments écologiques de Guadeloupe
  • Végétations de Martinique
  • Habitats de La Réunion (2000, rev. 2010)
  • Habitats naturels et semi‐naturels de La Réunion (2017)
  • Habitats de Mayotte
  • Habitats de Saint‐Pierre et Miquelon
  • Habitats marins des départements d’outre‐mer
  • Géomorphologie des récifs coralliens
  • CORINE biotopes
  • EUNIS
  • Habitats d’intérêt communautaire
  • Cahiers d’habitats
  • Convention OSPAR
  • Convention de Barcelone

Informations cataloguées dans le référentiel HABREF

 

  • les intitulés, codes et identifiants uniques de chaque syntaxon et habitat ;
  • des informations complémentaires (des descriptifs par exemple) ;
  • les statuts de présence sur le territoire français ;
  • les espèces liées aux habitats et aux végétations ;
  • les correspondances entre les typologies.

La structure de HABREF

Tables principales

Le référentiel est composé de 2 tables principales :

  • HABREF : cette table constitue le référentiel au sens propre (la liste des habitats et des végétations). On y retrouve les champs :
    • CD_HAB – identifiant unique de l’habitat ou du syntaxon ;
    • FG_VALIDITE – type de validité du nom (c’est-à-dire s’il s’agit d’un nom de référence, ou encore d’un synonyme…) ;
    • CD_TYPO – identifiant de la typologie d’origine de l’habitat ou du syntaxon ;
    • LB_HAB_FR_COMPLET – nom complet de l’habitat ou du syntaxon ;
    • CD_HAB_SUP – identifiant de l’unité supérieure (de référence !)  ;
  • TYPOREF : cette table constitue le référentiel des typologies utilisées en France.

Les autres tables du référentiel sont des dictionnaires (tables explicatives), les tables du méta-modèle du référentiel, et des tables de la base de connaissances (notamment les tables gérant les correspondances entre les typologies ou listant les espèces liées aux milieux).

On notera que certains champs des tables de la base de connaissances permettent de faire un lien vers des référentiels externes, en particulier vers TAXREF, le référentiel de la taxonomie des espèces.

Modèle de données général HABREF. [UMS Patrinat, 2017]

Les correspondances

Les correspondances au sein du référentiel HABREF sont faites à trois niveaux :

  • Entre unités (habitats ou végétations) de typologies différentes : par exemple entre un habitat EUNIS et un syntaxon du PVF1, ou encore entre un syntaxon du PVF2 et un habitat de CORINE biotopes…

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référentiels typologie milieux naturels

Les référentiels utilisés pour décrire et classer les milieux naturels

Attention : une correspondance entre deux typologies est toujours orientée ! C’est-à-dire que si un habitat A est inclus dans un habitat B, l’inverse n’est pas vrai (B n’est pas inclus dans A !). La gestion des correspondances entre typologies peut également s’avérer complexe. Ainsi, il est possible qu’une unité phytosociologique ne soit que pour partie correspondante à un un habitat…

  • Entre unités de même typologie : il s’agit de la gestion de la synonymie entre les syntaxons (de la même manière, la synonymie est aussi gérée entre les taxons dans TAXREF).

Notons que la synonymie des syntaxons est complexe. S’il est possible qu’un syntaxon soit le synonyme d’un autre au sens strict (syntaxon 1 = synonyme de syntaxon 2), il est également possible qu’un syntaxon soit le synonyme syntaxonomique de deux autres syntaxons valides… (et ajoutons à cela la gestion des synonymes nomenclaturaux, des pseudonymes, des antonymes… surprised).

  • Avec les taxons liés à certains habitats ou végétations : certains taxons (flore ou faune) sont associés, donc mis en correspondance, avec des habitats ou des végétations.

 

Utiliser HABREF dans son SIG

Pour structurer votre système de gestion de données naturalistes – et pourquoi pas y intégrer HABREF ? – vous pouvez vous faire accompagner !

Comment obtenir HABREF ?

Le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) met à disposition, librement et gratuitement, le référentiel HABREF sur la page dédiée du site de l‘inventaire national du patrimoine naturel (INPN). En théorie, l’accès au fichier est soumis à identification : le téléchargement est possible après s’être connecté à son compte INPN (inscription libre et gratuite).

Cependant, il est possible de télécharger HABREF sans être identifié. Après avoir cliqué sur le bouton de téléchargement, il suffit de cliquer sur « poursuivre le téléchargement » dans la fenêtre pop-up.

HABREF : fichiers téléchargés

A l’occasion de chaque mise à jour, le référentiel HABREF est téléchargeable intégralement, sous forme de fichiers informatisés (fichier zippé).

Tous les référentiels typologiques contenus dans HABREF sont téléchargeables séparément, ainsi que les tableaux des correspondances.

L’archive Zip du référentiel complet comporte plus d’une quinzaine de fichiers. Il s’agit de tableurs représentant les différentes tables décrites dans le modèle de données de HABREF.

Qui utilise HABREF ?

La structuration des données naturalistes (inventaires, cartographies…) à l‘aide d’un référentiel facilite les échanges de connaissances, et facilite la mise en place d’outils tels que des cartes interactives de répartition de milieux naturels ou tels que des formulaires de saisie de relevés phytosociologiques

C’est pourquoi des outils de gestion de données naturalistes utilisent le référentiel HABREF !

C’est par exemple le cas de la suite d’outils naturalistes GeoNature à travers un module de saisie et de gestion des données de suivi d’habitats ; ou encore le cas du modèle de données orienté « phytosociologie » de l’Observatoire de la Biodiversité Végétale de Nouvelle-Aquitaine.

Aviez-vous déjà entendu parler de HABREF ? Êtes-vous convaincu par ce référentiel pour structurer vos données d’habitats naturels et de végétations? L’avez-vous déjà utilisé  ?

Partagez votre expérience !