HABREF, le référentiel national des habitats naturels !

Mise à jour : 20 septembre 2022

Référentiel national des typologies d’habitats naturels et des végétations

Les milieux naturels – habitats naturels et unités phytosociologiques – peuvent être classés et décrits, plus ou moins finement, à l’aide de différents référentiels typologiques.

Mais voilà, un grand nombre de typologies existent, selon différentes échelles territoriales et sous formats variés (papier, base de données…). On pensera par exemple à la classification EUNIS, à la typologie Natura 2000 ou aux classifications phytosociologiques…

Au cours de cartographies et d’inventaires naturalistes, les données concernant les milieux naturels sont produites dans l’une ou l’autre des nombreuses typologies disponibles… Comment alors, exploiter et mutualiser ces données ? La solution est bien entendu d’avoir un langage commun, un référentiel commun, qui permette de convertir les données d’une typologie vers une autre…

Pour la France, ce langage commun a été créé par le Muséum national d’Histoire naturelle : HABREF, le référentiel des typologies d’habitats naturels et des végétations de France (métropole et outre-mer).

Qu’est-ce que le référentiel HABREF ?
Que contient HABREF ?
La structure de HABREF
Comment obtenir HABREF ?
Qui utilise HABREF ?

Qu’est-ce que le référentiel HABREF ?

HABREF, c’est le référentiel national des typologies d’habitats et de végétations de France métropolitaine et d’outre-mer.

Il réunit les versions officielles des typologies de références servant à classer les milieux naturels (habitats ou végétations) des domaines marins et continentaux, ainsi que les correspondances existantes entre ces différentes typologies.

Le référentiel est en construction permanente. Il évolue en fonction des nouveaux habitats ou syntaxons décrits ou intégrés, des découvertes… de l’évolution de la connaissance elle-même en somme !

Les objectifs de HABREF

→ Mettre à disposition un référentiel national français réunissant et standardisant toutes les typologies des milieux naturels (habitats et végétations).

→ Constituer un socle de connaissance concernant les milieux naturels, leur statut de présence, les espèces y étant associées, les correspondances entre typologies…

→ Rendre les jeux de données naturalistes (notamment de cartographies d’habitats !) interopérables afin de faciliter le partage d’informations et de données sur les milieux naturels.

→ Suivre et gérer les évolutions des typologies (synonymies, correspondances, hiérarchie, validité…).

Le contenu de HABREF

Dans ce référentiel, on retrouve toutes les typologies officielles servant à classer les milieux naturels (habitats ou végétations) de France. Les typologies utilisées sont celles relatives à la France métropolitaine, aux territoires d’outre-mer ainsi que des typologies internationales lorsqu’elles concernent le territoire français.

Ainsi, HABREF version 6 contient 36 typologies de références sur les milieux naturels :

• Prodrome des végétations de France (PVF1)
• Prodrome des végétations de France décliné (PVF2)
• Synopsis bryosociologique
• Unités phytosociologiques des Cahiers d’habitats
• Classification phytosociologique européenne
• Classification bryosociologique européenne
• Biocénoses benthiques de Méditerranée
• Habitats marins benthiques d’Atlantique
• CORINE biotopes
• Habitats du Paléarctique
• EUNIS
• Habitats d’intérêt communautaire
• Cahiers d’habitats
• Convention OSPAR
• Convention de Barcelone
• Micro-habitats liés à l’arbre des forêts tempérées et méditerranéennes
• Habitats de Saint‐Pierre et Miquelon
• Habitats marins de Saint‐Pierre et Miquelon
• Végétations des Caraïbes
• Habitats des Antilles françaises
• Compartiments écologiques de Guadeloupe
• Végétations de Martinique
• Habitats de la Guyane
• Habitats forestiers de Guyane
• Habitats marins de Guyane
• Habitats CORINE biotopes de La Réunion (2000, rév. 2010)
• Habitats naturels et semi‐naturels de La Réunion (2017)
• Habitats de Mayotte
• Habitats marins de Mayotte
• Habitats terrestres des îles Éparses
• Habitats marins des îles Éparses
• Végétations de Wallis‐et‐Futuna et de Nouvelle Calédonie
• Groupements végétaux de Clipperton
• Habitats marins des départements d’outre‐mer
• Géomorphologie des récifs coralliens

La structure de HABREF

Tables principales

Le référentiel est composé de 2 tables principales :

• HABREF : cette table constitue le référentiel au sens propre (la liste des habitats et des végétations). On y retrouve les champs :
  • CD_HAB – identifiant unique de l’habitat ou du syntaxon ;
  • FG_VALIDITE – type de validité du nom (c’est-à-dire s’il s’agit d’un nom de référence, ou encore d’un synonyme…) ;
  • CD_TYPO – identifiant de la typologie d’origine de l’habitat ou du syntaxon ;
  • LB_HAB_FR_COMPLET – nom complet de l’habitat ou du syntaxon ;
  • CD_HAB_SUP – identifiant de l’unité supérieure (de référence !)  ;
  • …
• TYPOREF : cette table constitue le référentiel des typologies utilisées en France.

Les autres tables du référentiel sont des dictionnaires (tables explicatives), les tables du méta-modèle du référentiel, et des tables de la base de connaissances (notamment les tables gérant les correspondances entre les typologies ou listant les espèces liées aux milieux).

On notera que certains champs des tables de la base de connaissances permettent de faire un lien vers des référentiels externes, en particulier vers TAXREF, le référentiel de la taxonomie des espèces.

Modèle de données général HABREF. [UMS Patrinat, 2017]

Les correspondances

Les correspondances au sein du référentiel HABREF sont faites à trois niveaux :

• Entre unités (habitats ou végétations) de typologies différentes : par exemple entre un habitat EUNIS et un syntaxon du PVF1, ou encore entre un syntaxon du PVF2 et un habitat de CORINE biotopes…

Attention : une correspondance entre deux typologies est toujours orientée ! C’est-à-dire que si un habitat A est inclus dans un habitat B, l’inverse n’est pas vrai (B n’est pas inclus dans A !). La gestion des correspondances entre typologies peut également s’avérer complexe. Ainsi, il est possible qu’une unité phytosociologique ne soit que pour partie correspondante à un un habitat…

• Entre unités de même typologie : il s’agit de la gestion de la synonymie entre les syntaxons (de la même manière, la synonymie est aussi gérée entre les taxons dans TAXREF).

Notons que la synonymie des syntaxons est complexe. S’il est possible qu’un syntaxon soit le synonyme d’un autre au sens strict (syntaxon 1 = synonyme de syntaxon 2), il est également possible qu’un syntaxon soit le synonyme syntaxonomique de deux autres syntaxons valides… (et ajoutons à cela la gestion des synonymes nomenclaturaux, des pseudonymes, des antonymes… ).

• Avec les taxons liés à certains habitats ou végétations : certains taxons (flore ou faune) sont associés, donc mis en correspondance, avec des habitats ou des végétations.

Comment obtenir HABREF ?

Le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) met à disposition, librement et gratuitement, le référentiel HABREF sur la page dédiée du site de l‘inventaire national du patrimoine naturel (INPN). En théorie, l’accès au fichier est soumis à identification : le téléchargement est possible après s’être connecté à son compte INPN (inscription libre et gratuite).

Cependant, il est possible de télécharger HABREF sans être identifié. Après avoir cliqué sur le bouton de téléchargement, il suffit de cliquer sur « poursuivre le téléchargement » dans la fenêtre pop-up.

L’archive Zip du référentiel complet comporte plus d’une quinzaine de fichiers. Il s’agit de tableurs représentant les différentes tables décrites dans le modèle de données de HABREF.

Qui utilise HABREF ?

La structuration des données naturalistes (inventaires, cartographies…) à l‘aide d’un référentiel facilite les échanges de connaissances, et facilite la mise en place d’outils tels que des cartes interactives de répartition de milieux naturels ou tels que des formulaires de saisie de relevés phytosociologiques…

C’est pourquoi des outils de gestion de données naturalistes utilisent le référentiel HABREF !

C’est par exemple le cas de la suite d’outils naturalistes GeoNature à travers un module de saisie et de gestion des données de suivi d’habitats ; ou encore le cas du modèle de données orienté « phytosociologie » de l’Observatoire de la Biodiversité Végétale de Nouvelle-Aquitaine.

Aviez-vous déjà entendu parler de HABREF ? Êtes-vous convaincu par ce référentiel pour structurer vos données d’habitats naturels et de végétations? L’avez-vous déjà utilisé  ?

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