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Référentiel national pour la taxinomie de la faune, la flore et la fonge de France

 

Si le système de nomenclature binomial de Linné a permis une première avancée majeure pour nommer les espèces vivantes, il n’en reste pas moins une grande hétérogénéité dans les données d’observations collectées au fils des siècles. On compte des millions de données naturalistes dans des carnets de terrain, des catalogues, des listes, des herbiers, des ouvrages, des bases de données sur internet… et un inévitables foisonnement de noms, identifiant bien souvent un même taxon.

Mais comment, dans ce contexte, parler un langage commun et unique indispensable pour partager la connaissance scientifique ?

Pour la France, ce langage commun a été créé dans le cadre de la mise en place du Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP) par le Muséum national d’Histoire naturelle : TAXREF, le référentiel taxonomique sur la faune, la flore et la fonge de France (métropole et outre-mer).

Qu’est-ce que le référentiel TAXREF ?
Dans quel cas utiliser TAXREF ?
Que trouve-t-on dans TAXREF ?
La structure de TAXREF (et disparition de CD_NOM)
Comment se procurer TAXREF ?
Qui utilise TAXREF ?

Qu’est-ce que le référentiel TAXREF ?

TAXREF, c’est le référentiel taxonomique et nomenclatural national pour la faune, la flore et la fonge de France métropolitaine et d’outre-mer.

De façon un peu plus claire, TAXREF catalogue tous les noms scientifiques valides ainsi que leurs (parfois nombreux) synonymes, en se basant sur les connaissances actuelles.

Ce référentiel est unique pour la France, et son but est simple : lister et organiser les noms scientifiques de tous les êtres vivants recensés sur le territoire français.

 

Les objectifs de TAXREF

→ Donner un nom scientifique à chacune des espèces de France. Ce nom est unique, non ambigu et admis au niveau national et au niveau international.

→ Rendre les jeux de données et les bases de données naturalistes interropérables.

→ Suivre et gérer les évolutions de la taxonomie et de la nomenclature des espèces (évolution des synonymes, hiérarchie taxonomique…).

Ce qu’est, et ce que n’est pas TAXREF

Le référentiel TAXREF est élaboré et diffusé par le Muséum national d’histoire naturelle (MNHN), et c’est une pièce essentielle du SINP (système d’information sur la nature et les paysages) en France.

En effet, en plus de permettre la communication entre les bases de données (interopérabilité), l’utilisation de normes communes permet aussi la communication entre tous les utilisateurs des noms d’espèces : taxonomistes, naturalistes, gestionnaires d’espaces naturels, écologues, enseignants, gestionnaires de données, muséologues, généticiens…

Attention : TAXREF n’est pas un endroit pour publier de nouvelles descriptions d’espèces ou des synonymisations ! Seuls les noms d’espèces (ou combinaisons) déjà connus sont listés dans le référentiel.

TAXREF n’est pas un référentiel pour les habitats naturels. Ils ne catalogue donc pas les milieux naturels ou les syntaxons. Côté habitats et phytosociologie, le référentiel national unique est HABREF.

Dans quel cas utiliser TAXREF ?

Si vous… :

  • gérez ou utilisez des données d’espèces (animaux, plantes, champignons) trouvées en milieux naturels, qu’ils soient continentaux ou marins
  • présentes en France métropolitaine ou en collectivités d’outre-mer (Guyane, Martinique, Guadeloupe, Saint-Martin, Saint-Barthélemy, Saint-Pierre et Miquelon, Mayotte, Îles Éparses, Réunion, Terres Australes et Antarctiques Françaises, Nouvelle-Calédonie, Wallis et Futuna, Polynésie Française, Clipperton)…
  • issues de l’histoire naturelle actuelle ou proche (depuis le paléolithique)…
  • et si vous souhaitez faciliter la gestion de vos données naturalistes ainsi que leur diffusion ou leurs échanges avec vos partenaires…

Vous pouvez utiliser TAXREF !

Que trouve-t-on dans TAXREF ?

Dans ce référentiel, on retrouve tous les noms scientifiques et vernaculaires (lorsqu’ils existent) des espèces de France. Ces noms sont ceux disponibles au sens des codes de nomenclature :

  • faune : code de nomenclature zoologique (ICZN) ;
  • flore et fonge : code de nomenclature des algues, de la fonge et des plantes (ICBN) ;
  • bactéries : code de nomenclature des bactéries.

Trois types de sources alimentent TAXREF

 

  • des bases de données officielles (WoRMS, FishBase, Fauna Europaea, etc.) ;
  • des publications scientifiques ;
  • des données de groupes d’experts (Société Française d’Arachnologie, IFRECOR, Société Mycologique de France, etc.).

La structure de TAXREF

Tables principales

Le référentiel est composé de 4 tables principales :

  • TAXREF : cette table constitue le référentiel à proprement parler (c’est-à-dire les noms scientifiques) ;
  • TAXVERN : table regroupant les noms vernaculaires des espèces ;
  • CONTEXT : table qui référence les bases de données sources utilisées (et fait le lien avec elles) ;
  • DOCS : table qui gère les références bibliographiques.

Les autres tables de TAXREF sont des tables explicatives (appelées dictionnaires) ou des tables de correspondance.

Modèle de données TAXREF. La base documentaire est accessible sous forme de web-service (DOCS-Web). En orange : références ; en jaune : dictionnaires ; en gris : correspondances. [UMS Patrinat, 2018]

Principaux champs de la table TAXREF

Concernant la table du référentiel sensu stricto, à savoir la table TAXREF, quelques colonnes sont les plus importantes :

  • CD_NOM (chiffre entier) : numéro correspondant à l’identifiant unique d’un nom scientifique.
  • CD_REF (chiffre entier) : c’est le CD_NOM de référence, c’est-à-dire du nom scientifique valide. Ce champ sert à établir les synonymies entre les taxons (les cd_nom des taxons synonymes entre eux ont tous le même CD_REF = CD_NOM du nom de taxon valide).
  • CD_SUP (chiffre entier) : c’est le cd_nom du taxon supérieur (par exemple, le CD_SUP d’une sous-espèce sera le cd_nom de l’espèce, le cd_sup d’une espèce sera le cd_nom de genre, etc.).
  • LB_NOM (texte) : le nom du taxon, sans auteur et sans date.
  • LB_AUTEUR (texte) : le nom de l’auteur du taxon (le descripteur), la date de description.
  • LB_NOM_COMPLET (texte) : nom complet du taxon, c’est-à-dire nom du taxon suivi du nom d’auteur.
  • RANG (texte) : il s’agit du rang taxonomique du taxon (par exemple : espèce, genre, classe…).

Des colonnes servent également à indiquer si le taxon est présent sur un territoire donné. Ainsi, le champ FR (texte) indique si une espèce est présente en France métropolitaine, GF (texte) indique si une espèce est présente en Guyane, SA (texte) indique si l’espèce est présente aux îles subantarctiques…

Utiliser TAXREF dans son SIG

Vous pouvez vous faire accompagner pour l’intégration et l’utilisation du référentiel TAXREF au sein de votre propre système de gestion de données naturalistes !

Disparition de certains CD_NOM dans TAXREF

A l’occasion d’une mise à jour du référentiel, il est possible qu’un code CD_NOM « disparaisse ». C’est-à-dire que ce code était trouvé dans des versions de TAXREF, mais plus dans la dernière version.

Ce phénomène peut poser de gros problèmes pour la cohérence et l’intégrité des données dans une base… mais il ne s’agit pas d’une erreur ou d’un oubli !

Cette non-diffusion des CD_NOM peut être due à des doublons orthographiques (un CD_NOM de remplacement est alors proposé), un taxon diffusé à tort (le CD_NOM reste potentiellement valide et peut être rediffusé ultérieurement), ou bien d’autres erreurs de constitution du référentiel ou d’ambiguïtés taxinomiques (dans ce cas, il n’y a pas vraiment de solutions : le CD_NOM est définitivement supprimé et il faut revoir la donnée).

Quoiqu’il en soit, tous les changements sont livrés en même temps que le référentiel !

Comment se procurer TAXREF ?

Le référentiel TAXREF est téléchargeable gratuitement sur la page dédiée du site de l‘inventaire national du patrimoine naturel (INPN). En théorie, l’accès au fichier est contrôlé : vous pouvez le télécharger après vous être connecté à votre compte INPN (inscription libre et gratuite).

Cependant, vous pouvez tout à fait télécharger TAXREF sans être identifié. Après avoir cliqué sur le bouton de téléchargement, cliquez sur « poursuivre le téléchargement » dans la fenêtre pop-up qui s’ouvrira.

TAXREF : fichiers téléchargés

A l’occasion de chaque mise à jour, le référentiel TAXREF est téléchargeable soit dans son intégralité (fichier zippé) soit par parties filtrées taxonomiquement (embranchement, classe, ordre ou famille), géographiquement (métropole, par collectivité d’outre-mer) ou encore écologiquement (domaine continental ou marin).

L’archive Zip du référentiel complet comporte huit fichiers :

  • TAXREFv12.txt : le référentiel en lui-même.
  • TAXVERNv12.txt : le référentiel des noms vernaculaires.
  • TAXREF_CHANGES.txt : le tableau décrivant toutes les modifications depuis la version précédente.
  • TAXREF_LIENS.txt : le tableau permettant un lien vers les sources.
  • CDNOM_DISPARUS.xls : le tableau listant les CD_NOM de niveau spécifique anciennement diffusés mais non diffusés dans la dernière version (avec les causes de leur disparition ou les CD_NOM de remplacement le cas échéant).
  • HABITATS_NOTE.csv : permet d’interpréter la colonne Habitat.
  • RANGS_NOTE.csv : permet d’interpréter la colonne Rang.
  • STATUTS_NOTE.csv : permet d’interpréter les colonnes de statuts biogéographiques dans les territoires (FR, GF, SA, etc).

Qui utilise TAXREF ?

Certaines « bases de données » accessibles en ligne utilisent le référentiel unique TAXREF (c’est le cas de la suite d’outils naturalistes GeoNature), et d’autres ne l’utilisent pas…

Et vous ? Êtes-vous convaincu par le référentiel TAXREF pour structurer vos données d’espèces ? L’avez-vous déjà utilisé et pourquoi ?

Partagez votre expérience !